新都市東京高速鉄道線の普通運賃は、以下のように乗車距離に応じて計算されます。
| キロ程 | 運賃 |
キロ程 | 運賃 |
| 1km 〜 3km | 110円 | 43km 〜 47km | 470円 |
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| 4km 〜 7km | 150円 | 48km 〜 52km | 510円 |
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| 8km 〜 12km | 190円 | 53km 〜 57km | 550円 |
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| 13km 〜 17km | 230円 | 58km 〜 62km | 590円 |
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| 18km 〜 22km | 270円 | 63km 〜 67km | 630円 |
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| 23km 〜 27km | 310円 | 68km 〜 72km | 670円 |
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| 28km 〜 32km | 350円 | 73km 〜 77km | 710円 |
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| 33km 〜 37km | 390円 | 78km 〜 81km | 750円 |
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| 38km 〜 42km | 430円 | |
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(例)田無駅から豊島高松駅まで移動する場合
乗車距離は17.3km なので小数点以下を切り上げると18km となり、運賃は270円になります。
下記の区間を利用される場合は、以下の特定運賃が適用されます。
下記の区間を利用される場合は、通常運賃に、下記の加算運賃を加えた運賃が適用されます。
小児運賃は、利用される区間の運賃の半額（10円未満の端数は切り上げ）です。
| 区分 | 年齢 | 運賃 |
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| 乳児 | 0歳 | 無料 |
| 幼児 | 1歳〜5歳 | 大人または小児1人につき2人まで無料
3人目以降は小児運賃が必要
1人で利用される場合は小児運賃が必要 |
| 小児 | 6〜11歳 | 小児運賃
※小学校に入学されていない6歳の方は幼児 |
| 大人 | 12歳以上 | 大人運賃
※小学校を卒業されていない12歳の方は小児 |
新都市東京高速鉄道の運賃は、最短距離をとる経路で計算されています。
この運賃は、最短距離をとる経路以外の経路を選択した場合でも適用されます。
(例)荒川駅から足立辰沼駅まで移動する場合
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